做科學(xué) 勇敢些

2022-12-15 15:45:06
深圳灣實驗室 發(fā)布時間:2022/12/15 10:29:39
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做科學(xué) 勇敢些
以2021年諾貝爾獎為例分析突破性生物學(xué)醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究的風險和技巧

 

前段時間看到饒毅老師發(fā)的 “這是我們目前主流狀況:冒險第一不行,第二很多”,我感覺很有意思。這句話看上去是在“罵人”,其實充滿了贊揚,也包含著更高的期許。當然,在討論前,我要把主題特異到“生物醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究”這個方向,這個是我大體能懂的專業(yè),也是一個非常大的且足夠重要的領(lǐng)域。

先說“充滿了贊揚”,“第二很多”說明中國現(xiàn)在的科研在國際上已經(jīng)很有成績了,比起短短十幾年前的狀況,不是進步很大嗎?我記得饒毅老師的學(xué)生蔣輝(現(xiàn)任北京生命科學(xué)研究所的研究員),在2005年發(fā)表了21世紀以來中國第一篇Cell,現(xiàn)在每年發(fā)表的Cell有多少?恐怕是不計其數(shù),這是非常大的進步。

第二是“更高的期許”,難道我們僅僅滿足于發(fā)表了很多Cell,很多Nature和Science就沾沾自喜?我們跟國際,或者具體一點,跟美國相比,生物醫(yī)學(xué)研究的水平可以匹敵了嗎?或者更直接一點,有多少“諾貝爾獎”級別的研究?顯然沒有很多!也就是說我們做“normal science”是很好的,但是缺乏冒險精神,不會做一些風險高而又重要的課題,和美國比相差很多。那我們是不是應(yīng)該做得更好一點,用美國“最好的研究”,而不僅僅是頂刊文章的數(shù)量要求自己,這是一個期許。

那么,在生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域,什么樣的研究是具有冒險精神的、“諾貝爾獎”級別的研究?我們是否能在這些研究中找到一些規(guī)律?我們敢于去冒險,冒的是什么險?或者說,真的很險嗎?我拿2021年諾貝爾獎關(guān)于溫度和觸覺受體的研究作為例子進行一些具體的,技術(shù)的分析,試圖回答上面的問題。

溫度受體的研究中最重要的一篇文獻是“The capsaicin receptor: a heat-activated ion channel in the pain pathway”(Nature, 1997)。這篇文章的思路是,利用辣椒素(capsaicin)能引起熱覺(辣)來克隆可能的溫度覺受體。其中最重要的assay是利用鈣成像來分析,然后利用expression cloning表達被根神經(jīng)節(jié)(Dorsal Root Ganglion)的分子,從而鑒別辣椒素受體,也就是可能的溫度覺受體。這無疑是一個很有創(chuàng)意的實驗,同時也存在著很大的風險。最大的風險就是,體外表達的cDNA無法復(fù)制體內(nèi)的狀況,從而expression cloning的策略不工作。

David Julius lab的作者面對這樣的風險是如何做的呢?這在其Figure 1第二列里,已經(jīng)基本排除了這種風險,因為pooled DRG cDNA可以使一些轉(zhuǎn)染的293細胞激活,我認為這是David Julius獲得諾貝爾獎最重要的一幅圖/實驗,能在一個體系里表達被激活,下面做的就是按部就班篩選出來,其風險在這幅圖已經(jīng)得到了完美的規(guī)避。

 

雖然溫度受體得到了鑒定,但是觸覺受體的研究直到2010年仍沒有任何的進展。這是個阻礙了感覺認知的重大問題,一直解決不了,它的巨大挑戰(zhàn)性也使得這個問題成為了“諾貝爾獎”級別的問題。 觸覺受體研究領(lǐng)域最重要的文獻是2010年Ardem Patapotian lab發(fā)表的 “Piezo1 and Piezo2 Are Essential Components of Distinct Mechanically Activated Cation Channels”。

理論上講,克隆DRG的觸覺受體,同樣可以使用1997年的expression cloning 的方法,實際上,David Julius lab也是這么做的。他們使用鈣成像做expression cloning (PNAS,2008), 我在2008年面試Julius lab時還談過這個課題。但機械力敏感通道比capsaicin激活做鈣成像難得多,關(guān)鍵問題是不穩(wěn)定。2008年這篇文章是用一個膜拉扯細胞,然后膜復(fù)位,產(chǎn)生一個鈣的信號,這使得實驗本身很不穩(wěn)定,因而這個設(shè)計有很大的問題。在2008年這篇概念性文章后,后續(xù)并沒有課題組真正地克隆出觸覺的機械力敏感通道。我們再反過來看看那篇最終克隆出Piezo的文章,作者采用了不同的策略,并沒有“路徑依賴”,堅持使用鈣成像的方法。

這篇文章采用了另外一個思路:直接利用電生理記錄,找到一個具有機械力敏感電流的細胞系,反過來利用RNAi Knockdown的方法。電生理記錄比鈣成像做機械力敏感通道靈敏的多。觸覺本來是在被根神經(jīng)節(jié)(Dorsal Root Ganglion) 發(fā)生的,但是直接在被根神經(jīng)節(jié)(DRG)做RNAi Knockdown,其取材,轉(zhuǎn)染 RNAi Knockdown 質(zhì)粒,其工作量幾乎不可完成,另一種方式是在培養(yǎng)細胞進行電生理,同樣的篩選,其工作量可能只有被根神經(jīng)節(jié)的十分之一,可行性強。

 

所以整篇文章最大的亮點,其把風險和工作量降到最低的點也是Figure 1A發(fā)現(xiàn)了一個具有機械力敏感電流的細胞系N2A,。有了這個細胞并得到這個結(jié)果,后面就是工作量比較大,但這個工作是可以完成的,利用RNAi Knockdown篩選出可以使整個電流下降的基因,這就是一個很正常的技術(shù)工作,基本是可以做出來的。所以,“諾獎級”的工作其實是找出一個具有機械力敏感的細胞系,也就是Fig1A,做出Fig 1A后,后面只是順理成章,也極大地規(guī)避了風險。

總結(jié)這兩個“諾獎級”的發(fā)現(xiàn),作者都是通過篩選基因組,得到一個重要的分子,溫度或者觸覺的受體;一開始毫無頭緒,看上去風險極大,但通過一些工作量不多的探索性試驗后,風險驟然降低,下面的工作看上去就順理成章。把pool DRG轉(zhuǎn)到培養(yǎng)細胞,看看是否有對辣椒素激活的細胞結(jié)果,估計只需要一個月就能得到確定結(jié)果,篩選具有機械力敏感電流的培養(yǎng)細胞,也大體如此估計也是幾個月的工作量就可以完成??梢姡趦?yōu)秀的設(shè)計后和初步的實驗后,這些看上去極大風險的重要課題,其實風險很小,兩個文章Figure 1A中的數(shù)據(jù),才是科研的精華所在,分析這些之后更可以體會到,做一些“諾貝爾獎級別”的工作,并不是“那么險”,并不是“暴虎馮河”,想要過河,即使船還沒發(fā)明出來,我們起碼可以抱著個木頭過去。

具體到每個人,只要方法得當,做“諾獎級”的研究,風險可以很小,收獲可以很大。做好的科學(xué),最大的風險不在于這些技術(shù)的風險,而在于三個具體的障礙:

第一層障礙,沒動力:不認真尋找重要的問題去做,沒有做最好科學(xué)的動力;

第二層障礙,沒信心:找到了重大的問題,克服不了心理障礙勇敢去做,得過且過,保險起見去做一些看上去風險小的問題。

第三層障礙,沒技巧:做風險大的重要課題,但是沒能通過一些方法降低風險,導(dǎo)致失敗幾率大。

可以說做科研就像練武功,每個障礙對應(yīng)一個層次,克服每個障礙就提高一個層次,但克服這些問題最最重要的是——做科學(xué),勇敢些!

 
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【資料圖】

前段時間看到饒毅老師發(fā)的 “這是我們目前主流狀況:冒險第一不行,第二很多”,我感覺很有意思。這句話看上去是在“罵人”,其實充滿了贊揚,也包含著更高的期許。當然,在討論前,我要把主題特異到“生物醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究”這個方向,這個是我大體能懂的專業(yè),也是一個非常大的且足夠重要的領(lǐng)域。

先說“充滿了贊揚”,“第二很多”說明中國現(xiàn)在的科研在國際上已經(jīng)很有成績了,比起短短十幾年前的狀況,不是進步很大嗎?我記得饒毅老師的學(xué)生蔣輝(現(xiàn)任北京生命科學(xué)研究所的研究員),在2005年發(fā)表了21世紀以來中國第一篇Cell,現(xiàn)在每年發(fā)表的Cell有多少?恐怕是不計其數(shù),這是非常大的進步。

第二是“更高的期許”,難道我們僅僅滿足于發(fā)表了很多Cell,很多Nature和Science就沾沾自喜?我們跟國際,或者具體一點,跟美國相比,生物醫(yī)學(xué)研究的水平可以匹敵了嗎?或者更直接一點,有多少“諾貝爾獎”級別的研究?顯然沒有很多!也就是說我們做“normal science”是很好的,但是缺乏冒險精神,不會做一些風險高而又重要的課題,和美國比相差很多。那我們是不是應(yīng)該做得更好一點,用美國“最好的研究”,而不僅僅是頂刊文章的數(shù)量要求自己,這是一個期許。

那么,在生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域,什么樣的研究是具有冒險精神的、“諾貝爾獎”級別的研究?我們是否能在這些研究中找到一些規(guī)律?我們敢于去冒險,冒的是什么險?或者說,真的很險嗎?我拿2021年諾貝爾獎關(guān)于溫度和觸覺受體的研究作為例子進行一些具體的,技術(shù)的分析,試圖回答上面的問題。

溫度受體的研究中最重要的一篇文獻是“The capsaicin receptor: a heat-activated ion channel in the pain pathway”(Nature, 1997)。這篇文章的思路是,利用辣椒素(capsaicin)能引起熱覺(辣)來克隆可能的溫度覺受體。其中最重要的assay是利用鈣成像來分析,然后利用expression cloning表達被根神經(jīng)節(jié)(Dorsal Root Ganglion)的分子,從而鑒別辣椒素受體,也就是可能的溫度覺受體。這無疑是一個很有創(chuàng)意的實驗,同時也存在著很大的風險。最大的風險就是,體外表達的cDNA無法復(fù)制體內(nèi)的狀況,從而expression cloning的策略不工作。

David Julius lab的作者面對這樣的風險是如何做的呢?這在其Figure 1第二列里,已經(jīng)基本排除了這種風險,因為pooled DRG cDNA可以使一些轉(zhuǎn)染的293細胞激活,我認為這是David Julius獲得諾貝爾獎最重要的一幅圖/實驗,能在一個體系里表達被激活,下面做的就是按部就班篩選出來,其風險在這幅圖已經(jīng)得到了完美的規(guī)避。

雖然溫度受體得到了鑒定,但是觸覺受體的研究直到2010年仍沒有任何的進展。這是個阻礙了感覺認知的重大問題,一直解決不了,它的巨大挑戰(zhàn)性也使得這個問題成為了“諾貝爾獎”級別的問題。 觸覺受體研究領(lǐng)域最重要的文獻是2010年Ardem Patapotian lab發(fā)表的 “Piezo1 and Piezo2 Are Essential Components of Distinct Mechanically Activated Cation Channels”。

理論上講,克隆DRG的觸覺受體,同樣可以使用1997年的expression cloning 的方法,實際上,David Julius lab也是這么做的。他們使用鈣成像做expression cloning (PNAS,2008), 我在2008年面試Julius lab時還談過這個課題。但機械力敏感通道比capsaicin激活做鈣成像難得多,關(guān)鍵問題是不穩(wěn)定。2008年這篇文章是用一個膜拉扯細胞,然后膜復(fù)位,產(chǎn)生一個鈣的信號,這使得實驗本身很不穩(wěn)定,因而這個設(shè)計有很大的問題。在2008年這篇概念性文章后,后續(xù)并沒有課題組真正地克隆出觸覺的機械力敏感通道。我們再反過來看看那篇最終克隆出Piezo的文章,作者采用了不同的策略,并沒有“路徑依賴”,堅持使用鈣成像的方法。

這篇文章采用了另外一個思路:直接利用電生理記錄,找到一個具有機械力敏感電流的細胞系,反過來利用RNAi Knockdown的方法。電生理記錄比鈣成像做機械力敏感通道靈敏的多。觸覺本來是在被根神經(jīng)節(jié)(Dorsal Root Ganglion) 發(fā)生的,但是直接在被根神經(jīng)節(jié)(DRG)做RNAi Knockdown,其取材,轉(zhuǎn)染 RNAi Knockdown 質(zhì)粒,其工作量幾乎不可完成,另一種方式是在培養(yǎng)細胞進行電生理,同樣的篩選,其工作量可能只有被根神經(jīng)節(jié)的十分之一,可行性強。

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